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        随着分子生物学的发展，人们可以详尽比较生物间的大分子的分子结构。基于进化事件与分子差异成正比的假设，提出了“分子钟”的概念，然而分子钟并不支持进化的预期。潘伯涛博士说：“从人类和猩猩中提炼出来的43种蛋白质，在核酸杂交法、免疫法测验、电泳测度法和比较氨基酸排列的方法测量后，所得出的结论乃是：在同科（Family）不同属（Genera）的种（Species）中，其遗传距离比猩猩与人类间的距离还大得多；而猩猩与人类乃是属于两个不同的科。”2 蛙类形态相似，但蛙类彼此之间巨分子的差异，竟然等于蛙类与多类哺乳动物之间的距离。细胞色素C（Cytochrome）是被人研究的最为详尽的蛋白。应用在宏观进化上，发现细菌和鱼类、昆虫、植物、甚至和人几乎等距。这与进化的预期完全不符。

        “物种增殖”的漏洞

        达尔文学说的要义在于“物种增殖”（这正是他与拉马克等一些进化论先驱的一个根本分歧），即主张新繁殖出的与其他种群隔离的种群是有先前的物种经过小幅度遗传变化的初步积累的微观进化，可以导致由一个物种到另一个物种的转变，即造成宏观进化。当然，从统计学的角度讲，事情总有发生的机会。因而真正的问题不在于进化是否能够发生，而在于是否发生的或然性。丰富多彩的生命发展航线和经修复的化石所体现的进步似乎非常科学，但这一点一直未得到证实，达尔文在当时所能做的只是猜测。在当今所发现的大约2亿块化石中，依然没有适当的化石可以被认为突破了对生命形式转化的所有疑问。不仅没有化石的证据证实不同的动物种类之间的任何较大的转化，而且也无法想象这些根本性的转化如何能够通过自然选择而一步一步地实现。而如果不能解释宏观进化的发生，那么作为进化论基本前提的科学基础就非常不可靠。20世纪60年代，进化论者希望发现遗传密码转化的连续性以便证实宏观进化，认为持续变化的遗传密码将促成生命形式的宏观进化。然而，蛋白质和脱氧核糖核酸中的化学元素的连续性并没有显示出那种转化特征，相反，自然界看来似乎是极不连续的。

        进化是连续还是跳跃

        大家都知道，很多生物器官都需要恰到好处的配合才能发挥作用。眼睛就是最好的例子。眼睛有眼毛，眼膜，晶状体，视网膜等精细的结构组成，有感光细胞将光刺激转化为电信号并将它们迅速传到脑部，在脑的指挥下迅速做出反应。眼睛的功能是任何高级的照相机所无法企及的。但按进化论的观点，眼睛的结构也是一点一点进化而来的，可是眼睛的各部分和大脑的联系是怎么可能那么凑巧同时进化到这种准确的程度？其中任何一部分的配合稍差一点，眼睛就无法起作用。试想一下，在进化的过程中，10%、50%、甚至99%的眼睛是如何发挥作用的？眼睛的形成是很难用进化论来解释的。

        达尔文本人对此也相当困惑。他在《物种起源》的第六章“Organ of Extreme Perfection and Complication”中写道，“眼睛有调节焦距，允许不同采光量和纠正球面相差和色差的无与伦比的设计。我坦白承认，认为眼睛是通过自然选择而形成的假说似乎是最荒谬的。”（to suppose that the eye with all its inimitable contrivances for adjusting the focus to different distances, for admitting different amounts of light, and for the correction of spherical and chromatic aberration, could have been formed by natural selection, seems, I freely confess absurd in the highest degree.）

        中间环节的缺失

        Jerry Adler 指出：“按照达尔文的看法，过渡种类以应该遍地都是，但挖了150年，仍是什么也找不到，这对进化论来讲实在是太大的一个尴尬。”连仅有的始祖鸟化石也已经失去了说服力，因为始祖鸟的某些爬行动物的特征已在今天的活鸟中发现，原以为它是半爬半飞的，但根据其爪的形状，已被认为是能在树上栖息的鸟。而且中国今年在辽宁已发现了与始祖鸟同期的现代鸟的化石，说明始祖鸟并非鸟类的祖先。4

        汤普森哀叹，达尔文的自然选择说是人类对进化的研究进程延缓了半个多世纪之久。“《物种起源》一书的成功带来的消极影响使生物学者们陷入了一种无法证实的空论之中。”日本学者浅间一男指出“如果自然选择都适用，那么，只要给与充分的时间，优胜劣汰的结果应该是目前这个地球上只有万物之灵的人。……但自然界中的现状是：下至低等单细胞生物，上至高等动物人类的并存。这有力地证明了生物并不像遗传学家所想象的那样，根据有利、不利、优劣等原则进行有效的自然选择。”5

        进化论如此盛行的原因

        然而，尽管自然选择有如此多的漏洞，那为什么他的理论还是有如此多的人接受呢，其实这不仅仅是一个学术上的问题，更是一个哲学，信仰，世界观的问题，为了说明这一点，我们需要简略地回顾一下现代科学的发展历程。

        在中古时代，亚里斯多德的理性主义雄踞西方的科学界和思想界。他认为宇宙是由五十五个同心圆球所构成，最中心的圆球是地球，向外依次是水、气、火以及天上星体的圆球。每个圆球都有灵性，神在最外圈的圆球以外，圆球在转动。这样的转动是此圆球对神吸引的一种反应。带动整个宇宙各圆球的转动，神是终极因。由于哥白尼和伽利略等人的努力，日心说被确立，揭开了以观察、试验为主要手段的现代科学的序幕。这使人们在抛弃亚里斯多德的地心说的同时，把神是宇宙第一因的观点也抛弃了。虽然在现代科学发展的初期涌现出了以牛顿为代表的一大批杰出的基督徒科学家。但在现代科学发展的过程中，反对超然因素，站在纯粹自然的立场观察，描述自然的自然主义（或人文主义）的世界观逐渐在科学界占据优势。牛顿时代，人们都相信神是宇宙万物的创造者；到达尔文时代，神的创造受到怀疑，生物的来源就留下了空白。因此，试图用物理、化学的自然方法来解释生命之源的各种假说就应运而生了。